Ibukota ini telah dibuka pada 1855 dan diisytiharkan sebagai ibunegeri Zuid-Afrikaansche Republiek (ZAR) atau Republik Afrika Selatan, iaitu republik Boer di wilayah Transvaal. Parlimen Volksraad bersetuju atas penubuhan sebuah bandar pusat yang diberi nama Pretoria. Keputusan itu dibuat secara rasmi pada 16 Disember 1855 dan hingga ke hari ini ia dianggap sebagai Hari Pretoria. Pretoria dinaik taraf menjadi pusat kerajaan pada 1 Mei 1860. Pada 14 October 1931, Pretoria diberi pengiktirafan sebagai bandar raya dan apabila Afrika Selatan menjadi republik, Pretoria kekal sebagai pusat pentadbiran negara.

Sebelum nama Pretoria dipilih, beberapa nama lain telah dicadangkan seperti Pretoriusdorp, Pretorium, Pretoriusstad dan Pretoria-Philadelphia. Di samping itu bandar Potchefstroom (sebuah bandar sederhana besar yang terletak 300km di barat Johannesburg) telah bertanding untuk status ibunegara ZAR tetapi telah gagal, dan Volksraad (parlimen) telah ditubuhkan di Pretoria. Akibatnya berlakulah perhubungan yang kerap tegang di antara industri perlombongan emas di Johannesburg dengan kerajaan pusat Republik Afrika Selatan (ZAR). Namun, pemimpin Boer di Pretoria telah berjaya mengawal industri emas, malah mengaut keuntungan yang banyak daripada industri tersebut.

Banyak peristiwa hitam telah berlaku di sini. Bandar raya ini telah menyaksikan beberapa peperangan penting seperti Perang Boer Pertama dan Perang Boer Kedua. Perang Boer Kedua (1899 ke 1902) telah menamatkan Republik Afrika Selatan dan merupakan titik permulaan hegemoni British di Afrika Selatan. Sewaktu perang, Winston Churchill yang pada waktu itu bertugas sebagai wartawan perang pernah dipenjarakan di Staats Model School di sini. Walaupun begitu, beliau berjaya melepaskan diri ke Mozambique. Masyarakat Pretoria akhirnya menyerah kalah kepada tentera British di bawah pimpinan Frederick Sleigh Roberts, pada 5 Jun 1900 dan konflik ini ditamatkan di Pretoria dengan termetarainya Perjanjian Vereeniging pada 31 Mei 1902.

Bandar raya ini juga terkenal sebagai pusat regim aparteid. Antara kekejaman yang pernah berlaku termasuklah pembunuhan Solomon Mahlangu, yang telah digantung pada 6 April 1979. Solomon yang berusia 22 tahun terkenal sebagai seorang aktivis yang termuda pernah dikenakan hukuman mati. Kini sebuah monumen telah didirikan untuk mengingati jasanya.